中药指纹图谱需要结合现代分析技术手段，针对中药指纹图谱的研究所涉及的方法种类繁多，主要采用色谱方法分离特征成分；采用UV、IR、NMR、MS等光谱方法鉴定化合物的结构，提高指纹图谱的可信度。主要方法有TLC、TLCS、GC、GC—MS、HPLC、HPLC-MS、HPCE、IR、UV、NMR、X射线衍射以及DNA探针和生物色谱技术等，其中，色谱方法是主流方法，在中药指纹图谱研究中有着广泛的应用。如洪筱坤等以药典收载的三种正品大黄的九个样品为基准，对来自全国各地的10个样品进行了指纹分析。结果表明，利用正品大黄的HPLC指纹特征易于区别非正品大黄，且与生药鉴定结果相符。
目前，美国FDA、英国草药典、印度草药典、德国药用植物学会、加拿大药用植物学会均接受指纹图谱的质量控制方法，这表明指纹图谱已成为国际公认的控制中成药、天然药物质量的*有效的方法。因此，为实现中药质量标准现代化并与国际接轨，国家食品药品监督管理局已下发了中药指纹图谱研究要求，首先对中药注射剂进行指纹图谱研究，并正在进行指纹图谱库的建立工作，以逐步实现中药材、中成药质量标准现代化。随着计算机信息处理技术及仪器分析技术的迅速发展，各种技术的科学性、准确性和灵敏度的提高，使现代分析技术在中药指纹图谱研究中的应用更加广泛。
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